Ele nasceu na cidade do Rio de Janeiro, em 16 de setembro de 1953. É o segundo filho de Roberto Marinho e dona Stella Marinho.
Começou a trabalhar na Globo em 1973, na editoria da Geral, na redação. Depois foi para o Segundo Caderno, como diagramador, o que lhe ensinou o processo de produção do jornal. Voltou a trabalhar como repórter na editoria de Esportes , sob a chefia de Celso Itiberê e aí chegou a subdiretor. Em seguida assumiu a subdiretoria de Economia.
Em 1978, para entender melhor o funcionamento do Globo, João Roberto deixou a redação e foi trabalhar em outros setores da produção do jornal. Tomou conhecimento com os setores de: oficina, rotativas, composição. Em 1979, passou a diretor de Produção, coordenando o relacionamento entre os diversos setores do jornal e a área industrial ficou sob seu comando.
Em 1982, tornou-se Vice-presidente da Globo. Em 1985, acumulou esse cargo , com o de vice-presidente da Rede Globo de Televisão, em cuja função ficou até 1997.
Em 1991, João Roberto assumiu a direção Geral da Fundação Roberto Marinho, e nela ficou até dezembro de 1994. Em 1993, participou da criação do Viva Rio.
Em 1998, Roberto Marinho e seus três filhos: Roberto Irineu, João Roberto e José Roberto deixaram suas funções executivas na empresa e formaram o Conselho de Gestão das Organizações Globo, que voltava-se para as questões estratégicas da empresa.
João Gilberto é Vice-presidente do Conselho de Administração, presidente do Conselho Editorial das Organizações Globo e presidente do Conselho Institucional.
Ele exerce também a vice-presidência da Associação Nacional de Jornais e da Associação Brasileira de Emissoras de Rádio e televisão- ABERT.
Ele é casado e tem três filhos.